Проведя дома свои летние каникулы Winx Club приезжают опять в Алфею, где их ждет второй год обучения в школе. Вскоре происходит знакомство с новой феей, которую зовут Лейла. Девушка просит их помочь спасти своего пикси, которого украл и держит в заложниках Лорд Даркар. Этот злодей на самом деле является «Призраком Феникса», и он мечтает о том, как бы ему захватить весь магический мир. С этой целью ему нужно найти Деревню Пикси, чтобы украсть четыре фрагмента Кодекса. Именно это откроет портал в Мир Реаликса, где его ждет Абсолютная Власть. Ведьмы Трикс тоже знакомятся с ним и начинают служить ему.
В это время Winx Club учатся тому, как достигнуть Чармикс. В Алфею проникает ведьма под видом «учительницы» и превращает Блум в Дарк Блум, чтобы та служила Лорду Даркару. Это дает возможность Лорду Даркару открыть путь в Мир Реаликса. Кажется, все кончено, и злые силы победили. Но в последнюю минуту Скай признается в любви к Блум, что расколдовывает её и возврашает в нормальное состояние. Теперь Блум полна сил и наносит поражение Лорду Даркару. После победы все возвращаются в Алфею и принимают Лейлу в свой клуб.
Третий сезон – это третий год обучения в Алфее, когда девушки учатся перевоплощаться в состояние Энчантикс. Его можно приобрести только пожертвовав собой, ради спасения кого-нибудь из своего мира. Ведьмы Трикс, изгнанные из измерения Омега и Валтор объединяются, чтобы захватить магически мир Магикс и отомстить тем, кто лишил их свободы. Они собираются похитить все источники волшебства из каждого волшебного мира. Остановить их могут конечно только феи из Winx Club!